library(DAAG)
possum.dat<-na.omit(possum[,6:14])
cov(possum.dat)
diag(cov(possum.dat))
cor(possum.dat)
possum.prc<-prcomp(possum.dat,scale=T)
summary(possum.prc)
par(mfrow=c(1,2))
screeplot(possum.prc)
screeplot(possum.prc,type="line")
possum.prc
predict(possum.prc)[,1:2]

library(MASS)
here <- !is.na(possum$footlgth)
possum.lda <- lda(site ~ hdlngth+skullw+totlngth+ taill+footlgth+earconch+eye+chest+belly, data=possum, subset=here)
possum.lda
options(digits=4)
possum.lda$svd   # Examine the singular values
plot(possum.lda, dimen=3)
predict(possum.lda)$class
tab<-table(possum[here,]$site,predict(possum.lda)$class)
tab
sum(diag(tab))/sum(tab)
possum.lda.cv <- lda(site ~ hdlngth+skullw+totlngth+ taill+footlgth+earconch+eye+chest+belly, data=possum, subset=here, CV=T)
tab.cv<-table(possum[here,]$site,possum.lda.cv$class)
tab.cv
sum(diag(tab.cv))/sum(tab.cv)